根管治療はむし歯菌が根管（神経部分）まで到達している時に行います。まずはむし歯菌の浸食度合いを確認し、必要に応じて神経を除去します。

神経を除去したら根管内をキレイに掃除します。根管内は複雑に湾曲しているため、リーマーやファイルなどの器具を使用して感染部位を取り除いていきます。

根管内に歯科用の薬を詰めます。薬が固まって根管が封鎖され、むし歯菌に再感染するリスクが低下します。